En la segunda fase, tras la reducción del edema y el inicio de la competencia y coordinación de los movimientos, se inicia la terapia miofuncional, reeducando las funciones del sistema orofacial en la nueva estructura y eliminando malos hábitos antiguos que puedan comprometer la estabilidad del tratamiento.
El paciente suele presentar hábitos antiguos, con movimientos adaptados a su estructura anterior, cuyos patrones están grabados en su córtex cerebral. Tras la cirugía, el comportamiento muscular puede asumir diferentes condiciones debido al espacio conseguido. Afortunadamente la musculatura presenta la capacidad de adaptarse de manera espontánea debido a la plasticidad neuromuscular, sin embargo, algunos patrones funcionales adaptativos pueden mantenerse, debido a la memoria muscular anterior a la cirugía. La prevalencia de estos patrones justifica la necesidad de la terapia miofuncional orofacial.
El trabajo de las funciones estomatognaticas debe de ser llevado a cabo tan pronto el paciente disponga de las condiciones necesarias para ello. El conocimiento del logopeda en este campo es imprescindible para que sean elaboradas las estrategias adecuadas en la fase pre y post quirúrgica, y así lograr una mejoría global en el resultado.