El tratamiento miofuncional se centra en primer lugar en la corrección de los malos hábitos y a continuación en la reeducación la deglución disfuncional y los trastornos asociados.
El proceso comienza con una sesión inicial de valoración y diagnóstico orofacial, la cual permite plantear los objetivos de tratamiento.
El tratamiento se inicia con una fase de aprendizaje, donde el paciente debe de aprender a realizar los ejercicios de forma consciente acompañado del logopeda especialista en terapia miofuncional.
Posteriormente se trabajan ejercicios en una fase de automatización, donde el paciente debe de conseguir realizar los movimientos correctos, de manera inconsciente, para eliminar los malos hábitos.
Por último se encuentra la fase de seguimiento. En esta etapa es importante revisar el caso a medio-largo plazo para evitar retrocesos, comprobar que las funciones se mantienen normalizadas y que no interfieren en el tratamiento ortodóncico.
Las sesiones se realizan de manera individual y el tratamiento es personalizado, adaptándolo a las necesidades de cada caso, puesto que hay mucha variabilidad individual, al influir la edad, el sexo, la colaboración de los padres, el estado dentario, el grado y tipo de disfunciones, la personalidad del paciente y otras variables externas.
La periodicidad y duración de cada una de estas fases variará dependiendo de las peculiaridades de cada caso, de la colaboración tanto del paciente como de los padres y de la evolución tanto anatómica como funcional.
Muchas veces los tratamientos van unidos temporalmente a la duración de la ortodoncia. Por lo tanto, es importante vigilar que no aparezcan de nuevo malos hábitos y asegurarse de que el paciente mantiene las funciones aprendidas y que las automatiza.